A primeira tentativa da Igreja Católica de reunir os universitários cristãos se deu com o surgimento da Associação Universitária Católica (AUC), em 1929, sob a influência do Centro Dom Vital. A AUC desempenhava o papel de reintegrar a "elite" ao cristianismo, incluindo a aproximação das elites dirigentes dos meios intelectuais e políticos nos anos 30. Para além de práticas esparsas e oficiosas, a origem oficial do Movimento Juventude Universitária Católica se deu com a promulgação do Estatuto da Ação Católica Brasileira em 1935 e a integração da AUC nos quadros da Ação Católica Geral em 1937. Com essa integração, alguns aucistas se destacaram, tornando-se assistentes, como frei Romeu Dale, que atuou de 1949 até 1961 na JUC.
A Juventude Universitária Católica, como os demais Movimentos da AC, baseava também sua ação no método VER (constatar a realidade); JULGAR (analisar a realidade) e AGIR (transformar a realidade), que, posteriormente, foi substituído pelo ideal histórico, onde a reflexão sobre a realidade voltava-se para questões temporais, sempre à luz de princípios universais cristãos.
De 1950 a 1958, o Movimento voltou-se mais para si mesmo, caracterizando-se por uma ação com dimensões mais espirituais. A partir de 1958, principalmente com articulações da JUC de Minas Gerais e Recife, o Movimento passou a se engajar politicamente, envolvendo-se com tendências mais questionadoras da realidade social e política do País. Essa transição do movimento é marcada por conflitos internos e com a hierarquia da Igreja e também pela substituição, entre os militantes, de estudantes de Direito por estudantes de Ciências Sociais e Economia, mais preocupados com a participação no meio social.
De 1959 a 1964, o Movimento caracterizou-se por uma prática política mais intensa, com participação de jucistas na União Nacional dos Estudantes (como seu presidente Aldo Arantes), na Ação Popular (formada por jucistas dissidentes), nas Ligas Camponesas, no sindicalismo rural e em movimentos de cultura popular. Esta inserção no meio social de forma mais incisiva e a politização crescente não foi algo homogêneo. Os conflitos se dão entre alas que pensam e vivem diferentemente o movimento.
De 1964 a 1966, jucistas tornaram-se presença significativa na política nacional, o que leva a própria JUC a se desestabilizar, tanto pelas tensões internas, quanto externas. A Igreja resistiu mais firmemente ao engajamento político da JUC, propondo a retirada dos militantes das mobilizações políticas. Aqueles que não aceitaram as determinações das autoridades eclesiásticas formaram a Ex-JUC, a partir de 1966. A Ex-JUC manteve-se até 1968, após esta data o movimento se organizou em pequenos grupos de reflexão social.