Criada em Portugal pelo alvará de 28 de julho de 1736, a Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos tinha por atribuições: a nomeação de vice-reis, governadores e capitães-generais; provimento de todos os postos militares, ofícios de Justiça e Fazenda, assim como das dignidades, canonicatos, paróquias e benefícios; negócios das missões e de todos os mais pertencentes à administração da Justiça, Fazenda Real, Comércio e Governo.
No Brasil, foi criada pelo decreto s/n. de 11 de março de 1808, que nomeou o visconde de Anadia ministro e secretário de Estado dos Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos. Pelo decreto s/n. de 22 de abril de 1821, perdeu a parte relativa aos domínios ultramarinos. Foi reformada pelo decreto n. 114, de 4 de janeiro de 1842, que organizou suas atribuições em três seções. À Seção da Corte competia todo o expediente que não dissesse respeito às províncias, além de lavrar todos os passaportes e passes dos navios do comércio e os provimentos de todos os empregados das repartições da Marinha. À Seção das Províncias competia todo o expediente relativo às províncias e às forças navais estacionadas nos portos do Império e fora dele. À Seção de Contabilidade competia examinar as contas e balanços das repartições da Fazenda da Marinha, escriturar a receita e a despesa e formar o orçamento da Marinha.
A Secretaria de Estado sofreu nova reforma pelo decreto n. 4.174, de 6 de maio de 1868, que dividiu-a em quatro seções. À 1ª Seção cabia a administração geral, à 2ª Seção, os assuntos relativos aos Conselhos Militar e Naval, Quartel-General, Auditoria e Justiça militares, Força Naval, à 3ª Seção, os assuntos relativos aos arsenais, fábricas, oficinas e cortes de madeiras mantidos pelo Ministério da Marinha e à 4ª Seção, os assuntos relativos à organização da Contadoria, Intendência, almoxarifados, conselhos de compras e outras repartições fiscais ou de arrecadação.