A Juventude Estudantil Católica (JEC) organizou-se, inicialmente, como um grupo basicamente feminino, existindo a partir de 1935. Num primeiro momento, sua atuação se restringiu às associações religiosas, tendo por finalidade a descoberta da Igreja pelos estudantes e a difusão do cristianismo dentro das escolas.
A partir de 1947, a JEC ganha um novo rumo com a elaboração de experiências para serem aplicadas no Brasil por Vera Jaccoud e Jeannette Pucheu, que estiveram presentes na Sessão Internacional, promovida pelo Centro Internacional de Documentação e Informação (CIDI), tomando então o movimento dimensão nacional.
Em 1953, foram publicados os estatutos da JEC no Diário Oficial da União.
Com a expansão do Movimento, organiza-se, em 1956, a Equipe Nacional responsável pela continuidade desse processo e pelo estabelecimento de uma ligação estrutural entre os núcleos diocesanos e com a própria Equipe.
À medida que se estrutura, a amplitude da JEC ultrapassa as fronteiras do Brasil para fazer parte, no mesmo ano de 1956, da Juventude Estudantil Católica Internacional (JEC-I), tendo assim bases comuns com os demais movimentos católicos estudantis do mundo. A JEC-I teve sua origem em 1946, a partir de uma resolução do CIDI, com a finalidade de coordenar os movimentos de JEC dos diferentes países do mundo.
Em maio de 1957, ocorreu a Semana Nacional de Ação Católica (AC), onde estavam presentes a Comissão Episcopal de AC e os dirigentes dos movimentos especializados. A JEC foi representada por Antônio Gama, que defendia a ideia de um assistente e de uma equipe nacional representando o grupo masculino do movimento. A ideia não repercutiu, pois ninguém acreditava na existência de um grupo expressivo de JEC Masculina, mas Dom Fernando Helder e Dom Claudio Kollinger tomaram posição a favor de Antônio Gama e foi aceito um assistente para a JEC Masculina.
Nesse período, a JEC adotou o método de trabalho dos outros movimentos da AC: VER-JULGAR-AGIR. Nestas três fases, o militante observava o meio ambiente, pensava os meios possíveis para atuar e efetivava suas atividades.
A atuação da JEC era basicamente catequética, introduzindo o cristianismo sem retirar o estudante do seu meio, através de uma ação individual ou de um trabalho coletivo nos colégios.
A partir do final dos anos 1950, o Movimento começou a refletir os problemas do meio social e da Igreja. Foi lançada em todo o Brasil a experiência da Semana do Estudante, que, através de assembleias, procurava instigar os militantes presentes a uma reflexão sobre suas responsabilidades e sua vida cristã. Este período é marcado por atividades que procuravam atingir, além dos problemas estudantis, questões mais abrangentes, buscando eficácia nos diversos segmentos sociais. O meio estudantil é compreendido como fruto da sociedade em todos os aspectos (político, econômico, religioso), assim é também tido como centro para o debate de questões que refletem os problemas sociais. As atividades são de massa, como as campanhas, conferências, penetração nos grêmios, clubes e um início de participação na política nacional estudantil, além de atividades extra-colegiais, como participação nas questões dos bairros.
O movimento vai assumindo cada vez mais um caráter social, tendo os problemas políticos e econômicos do país como questões latentes nos vários encontros.
Com o golpe militar, em 1964, e com a hierarquia eclesiástica firme quanto a suas posições de um não engajamento político dos movimentos de juventude, a JEC foi se desmantelando.
Em 1966, com a descentralização dos movimentos em relação à hierarquia da Igreja, proposto pela CNBB, a JEC organiza um Conselhinho Nacional para refletir sobre a situação em que se encontrava. Concluindo que estava com sua base desestruturada e que a situação histórica em que o país se encontrava desarticulava qualquer tentativa de mobilização social, a Equipe Nacional se desliga, formando um grupo autônomo com objetivos políticos e sociais. Os que permaneceram na JEC tentaram rearticulá-la em algumas regiões no período de 1967 a 1970; não obtendo grandes resultados, decidiram finalizar suas atividades.