O arquivo possuía uma organização original que se procurou preservar, na medida do possível. A maior parte dos documentos textuais, geralmente classificados como "confidenciais", foi produzido no período em que Geisel ocupou a Presidência da República. Há também documentos, embora em menor quantidade e no todo mais lacunares, sobre os períodos anterior e posterior à Presidência. O arquivo possui um total de aproximadamente 4.000 documentos textuais, divididos em cinco "séries": "Documentos pessoais". "Antes da Presidência", "Presidência da República", "depois da Presidência" e "documentos complementares". Cada série está subdividida e, "dossiês" temáticos. A maior série é, de longe a "Presidência da República", corresponde a cerca de 80% dos documentos textuais. No período anterior à Presidência destacam-se os originais das atas das reuniões do gabinete parlamentarista de Tancredo Neves. No período posterior, predominam documentos sobre aspectos da economia brasileira, principalmente energia. A série "Documentos complementares" inclui principalmente manifestações de pesar pela morte de Geisel recebidos por sua família. Além dos documentos textuais, o arquivo também possui aproximadamente 15.000 recortes de jornais (organizados cronologicamente) e 8.000 documentos audiovisuais (principalmente fotografias). A documentação do período da Presidência da República é constituída basicamente pela documentação dos despachos diretos de quase todos os ministros com o presidente, incluindo a pauta dos assuntos a serem tratados e, muitas vezes, lembretes, informes e anotações feitas pelos ministros sobre esses assuntos. Havia uma organização prévia no arquivo que separava a documentação por ministério e, ao que tudo indica, cada despacho com um ministro era acompanhado de uma agenda temática e dos respectivos anexos que documentavam os temas a serem tratados. Muitas vezes, contudo, o arquivo contém apenas a relação dos tópicos a serem discutidos, sem trazer em anexo a documentação que seria esperada. A documentação que foi doada ao CPDOC cobre praticamente todas as principais questões nacionais do período que dependiam de decisão do presidente da República, e através de sua leitura pode-se acompanhar parte do processo de tomada de decisões políticas referentes a todos os setores da vida nacional, em sua instância máxima. Em alguns documentos, Geisel fazia comentários e anotações à margem, permitindo desse modo reconstituir o encaminhamento que dava aos assuntos. Quando isso não acontece, ficamos ao menos sabendo - o que não deixa de ser importante - que assuntos eram levados, e como eram levados, ao presidente, para sua decisão. Trata-se. acima de tudo, de um tipo de documentação raramente disponível para a pesquisa histórica, mesmo se considerarmos o conjunto de acervos de ex-presidentes da República.
