Pouco depois de proclamada a República, o Governo Provisório promoveu uma reforma administrativa separando os negócios interiores dos da Justiça, com a criação do Ministério dos Negócios do Interior.
Um dos primeiros atos de 1890 do Governo Provisório, o decreto n. 183, de 27 de janeiro de 1890, fixou a despesa do Ministério dos Negócios do Interior para o exercício do referido ano, definindo com isso o escopo da pasta, os assuntos e os órgãos que lhe estavam afetos. Cabia-lhe, por exemplo, despesas com o Senado e a Câmara, com o culto público e seminários episcopais, o pessoal das faculdades de direito e medicina, a Escola Politécnica, a Escola de Minas de Ouro Preto, a Inspetoria da Instrução Primária e Secundária da Capital Federal, Internato e Externato do Instituto Nacional, a Escola Normal, a Diretoria Geral de Estatística, a Academia das Belas Artes, o Instituto Nacional de Música, o Instituto dos Meninos Cegos, o Instituto dos Surdos-Mudos, o Asilo dos Meninos Desvalidos, o Observatório do Rio de Janeiro, o Arquivo Público, a Biblioteca Nacional, a Inspetoria Geral de Higiene, a Inspetoria Geral de Saúde dos Portos, lazaretos e hospitais marítimos, socorros públicos, limpeza do Rio de Janeiro (cidade e praias), Laboratório do Estado e obras.
No mês subsequente, com o decreto n. 216, de 22 de fevereiro de 1890, organizou-se a administração central do Ministério, a chamada Secretaria de Estado dos Negócios do Interior, convertendo as três diretorias instituídas pelo decreto n. 5659, de 6 de junho de 1874, em seções e as subordinando a um diretor-geral.
Já no ano seguinte, a lei n. 23, de 30 de outubro de 1891, ao reorganizar a administração federal, os negócios do Interior voltaram a se juntar aos da Justiça, assumindo o Governo a seguinte configuração: Ministério da Fazenda; Ministério da Justiça e Negócios Interiores; Ministerio da Indústria, Viação e Obras Públicas; Ministério das Relações Exteriores; Ministério da Guerra; Ministério da Marinha.
Assim foi definida a competência do então Ministério da Justiça e dos Negócios Interiores: os serviços e negócios relativos à administração da justiça local do Distrito Federal e à administração da Justiça federal, tanto neste distrito como nos estados; a polícia do Distrito Federal, bem como a administração do Corpo de Bombeiros; a Guarda Nacional no Distrito Federal e nos estados; tudo que for concernente ao desenvolvimento das ciências, letras e artes, à instrucção e à educação e seus respectivos institutos nos limites da competência do Governo Federal e, inclusive, a catequese dos índios; os demais serviços que pertenciam ao Ministério do Interior.
A Secretaria de Estado passou a ser composta de uma seção de Contabilidade e das seguintes diretorias: dos Negócios da Justiça (1a Diretoria); dos Negócios da Instrução (2a Diretoria); dos Negócios Interiores (3a Diretoria).