A Secretaria do Desenvolvimento Regional (SDR) teve existência efêmera. Foi instituída como órgão de assistência direta à Presidência da República, pela medida provisória n. 150, de 15 de março de 1990, que dispôs sobre a reorganização da Presidência da República e dos ministérios, medida convertida na lei n. 8028/1990, e organizada pelos decretos n. 99.180, de 15 de março de 1990 e 99244, de 10 de maio de 1990. Foi transformada em Ministério da Integração Regional em 1992.
Pelo decreto n. 99.180, de 15 de março de 1990 (cf. especialmente art. 50 e 51) , competia a ela:
I - planejar, coordenar, supervisionar e controlar a ação dos órgãos e entidades de desenvolvimento regional;
II - promover a articulação dos órgãos e entidades de desenvolvimento regional com ministérios e demais secretarias, com vistas ao exame, discussão e implementação de programas comuns às respectivas áreas de atuação e competência;
III - participar, sem direito a voto, das reuniões dos conselhos deliberativos dos órgãos e entidades federais de desenvolvimento regional;
IV - compatibilizar os planos de desenvolvimento regionais;
V - promover e incentivar o turismo, como fator de desenvolvimento.
Vincularam-se à SDR a Superintendência do Desenvolvimento do Nordeste (SUDENE), a Superintendência do Desenvolvimento da Amazônia (SUDAM), a Superintendência da Zona Franca de Manaus (SUFRAMA) e a Empresa Brasileira de Turismo (EBTU).
Em 15 de maio de 1990, pelo decreto n. 99.254, a SDR assumiu, em lugar do Ministério do Interior, então extinto, a Comissão Especial que havia sido criada em 1988 (decreto n. 97.314, de 20 de dezembro de 1988) para dar suporte a programas especiais de desenvolvimento aos estados de Goiás e Tocantins.
Pelo decreto n. 99.288, de 6 de junho de 1990, a SDR passou a responder também pelas atribuições do então extinto Instituto do Açúcar e do Álcool (IAA).
Com o decreto n. 99.353, de 27 de junho de 1990, a SDR, incorporou a coordenação e supervisão das ações do Governo Federal na área do Programa Grande Carajás, incluindo a concessão de incentivos. Pelo citado decreto, a SDRD tinha que proceder à reavaliação dos projetos atinentes ao Programa, em um prazo determinado. Em função disso, passou a contar com mecanismos de apoio e assessoramento de duração temporária: câmaras inter-setoriais, formadas por representantes dos ministérios e secretarias da Presidência da República; junta de consultores recrutados entre especialistas de renome nos assuntos a serem avaliados, contratados; câmaras regionais, formadas por representantes dos poderes executivos estaduais e municipais, por representantes da sociedade civil e por técnicos convidados, com o objetivo de sugerir políticas a serem desenvolvidas na área do Programa; e, Câmara de Fomento, com participação de dirigentes da SUDENE e da SUDAM, do Banco do Brasil S.A., da Caixa Econômica Federal, da Financiadora de Estudos e Projetos (Finep) e do Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico Social (BNDES), para propor valores de investimento e de financiamento de projetos produtivos e programas situados na área do Programa Grande Carajás. Coube ao Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama) e ao Departamento da Receita Federal, as atividades de fiscalização na área do Programa, nos assuntos das competências respectivas, em articulação com a SDR.
Com o decreto n. 99.477, de 24 de agosto de 1990, planos, programas e projetos que estavam em curso no âmbito da Superintendência do Desenvolvimento da região Centro-Oeste (SUDECO) e da Superintendência do Desenvolvimento da região Sul (SUDESUL), ambas em extinção, foram atribuídos à SDR. Por este decreto, o acervo patrimonial e documental passou também à sua responsabildiade. As dotações orçamentárias das superintendências foram transferidas à SDR pelo decreto n. 99.620, de 18 de outubro de 1990.
Com o decreto n. 79, de 5 de abril de 1991, a SDR teve aprovada a sua estrutura regimental, organizando-se da seguinte forma: um órgão de assistência direta e imediata ao Secretário (o Gabinete), dois órgãos setoriais (Assessoria Jurídica e Coordenação-Geral de Administração), cinco órgãos singulares (Departamento de Desenvolvimento Regional, Departamento de Planejamento e Avaliação, Departamento de Programas e Projetos Especiais, Departamento de Assuntos Interregionais, Departamento de Assuntos Sucroalcooleiros), quatro entidades autárquicas (Superintendência de Desenvolvimento do Nordeste - SUDENE; Superintendência do Desenvolvimento da Amazônia - SUDAM; Superintendência da Zona Franca de Manaus - SUFRAMA; EMBRATUR - Instituto Brasileiro de Turismo) e uma empresa pública (Companhia de Desenvolvimento de Barcarena - CODEBAR). Pelo citado decreto, os órgãos em liquidação – SUDESUL, SUDECO e Instituto do Açúcar e do Álcool – foram mantidos sob a responsabilidade da SDR, até que se encerrasse o processo de liquidação.
Em 1991, pelo decreto n. 405, de 26 de dezembro, a Seção Brasileira da Comissão Mista Brasileira-Uruguaia para o Desenvolvimento da Bacia da Lagoa Mirim foi vinculada à SDR.
A lei n. 8.490, de 19 de novembro de 1992, ao dispor sobre a organização da Presidência da República e dos ministérios transformou a SDR em Ministério da Integração Regional. Na estrutura da nova pasta, criou-se uma Secretaria de Desenvolvimento Regional, ao lado do Conselho Deliberativo do Fundo Constitucional de Financiamento do Centro-Oeste, da Secretaria de Relações com estados, Distrito Federal e municípios, da Secretaria de Desenvolvimento Urbano, da Secretaria de Defesa Civil, da Secretaria de Irrigação, da Secretaria de Áreas Metropolitanas, da Secretaria de Desenvolvimento do Centro-Oeste e da Secretaria de Desenvolvimento da Região Sul.