A lei n. 23, de 30 de outubro de 1891, reorganizou os serviços da administração federal, distribuindo-os por seis ministérios: Fazenda; Justiça e Negócios Interiores; Indústria, Viação e Obras Publicas; Relações Exteriores; Guerra; Marinha. Coube, naquele momento, ao Ministério da Justiça e Negócios Interiores os serviços e negócios relativos a: administração da justiça local do Distrito Federal; administração da justiça federal no Distrito Federal e nos estados; polícia do Distrito Federal; administração do Corpo de Bombeiros; Guarda Nacional no Distrito Federal e nos estados; desenvolvimento das ciências, letras e artes, instrução e educação, incluindo a catequese dos índios; e demais serviços que pertenciam ao Ministério do Interior. O Ministério dispunha de uma Secretaria composta de três diretorias – a 1ª (dos Negócios da Justiça), a 2ª (dos Negócios da Instrução), a 3ª (dos Negócios Interiores) - e de uma Seção de Contabilidade (art. 5º).
O decreto n. 1.160, de 6 de dezembro de 1892, regulamentou a Secretaria de Justiça e Negócios Interiores no que diz respeito à sua organização e funcionamento. Confirmou as três diretorias fixadas na lei n. 23/1891, denominando-as Diretoria Geral da Justiça, Diretoria Geral do Interior e Diretoria Geral da Instrução, além da Seção Geral de Contabilidade. A esta última, entre inúmeras atividades e competências coube o arquivo da Secretaria, as certidões de papéis findos (art. 5°, item X) e a sistematização e publicação no Diário Oficial do extrato do expediente diário, remetido pelas diretorias gerais (art. 5º, item XX). O referido decreto estabeleceu também que, para os trabalhos do Gabinete, o ministro deveria designar por aviso o funcionário de sua confiança como secretário, assim como os seus auxiliares (art. 43). Os empregados do Gabinete haviam que: receber, abrir ou distribuir, pelas diretorias gerais, os papéis entrados na Secretaria; transmitir por escrito aos diretores gerais, em nome do ministro, ordens mais urgentes que não pudessem ser comunicadas diretamente pelo próprio; providenciar a expedição imediata dos atos cujos assuntos fossem mais urgentes, após assinados pelo ministro; auxiliar o ministro nos trabalhos que este reservasse para si; anunciar audiências e durante estas prestar ao ministro as informações que lhe fossem precisas para o despacho das partes; receber os papéis enviados da Secretaria para o despacho e assinatura do ministro, assim como preparar convenientemente os que deviam ser levados a despacho ou assinatura do chefe de Estado; incumbir-se da correspondência epistolar ou telegráfica do Gabinete e do arquivo desses atos; restituir à Secretaria, devidamente classificados, os papéis, que ficassem no Gabinete sem despacho ou assinatura, por ocasião de exoneração do ministro, e aos novos empregados do Gabinete, o registro dos atos reservados (art. 44).
O decreto n. 1.598, de 18 de novembro de 1893, fez algumas alterações na organização da Secretaria da Justiça e Negócios Interiores, que passou a compreender quatro diretorias gerais - Justiça, Interior, Instrução e Contabilidade - todas imediatamente subordinadas ao ministro e subdivididas, cada uma, em duas seções, sob indicação numérica ordinal (art. 1º). A distribuição do serviço pelas três primeiras diretorias continuou a ser regida pelo decreto n. 1.160, de 6 de dezembro de 1892, incorporando as alterações constantes do referido decreto (art. 2º). O arquivo da Secretaria ficou a cargo da Diretoria do Interior, a ela competindo emitir certidões de papéis findos, autenticadas pela diretoria a que pertencesse o assunto.
O decreto n. 26.302, de 3 de fevereiro de 1949, aprovou o regimento do Gabinete do Ministro da Justiça e Negócios Interiores. Por este decreto, cabia ao Gabinete, entre outras atividades, estudar os assuntos e questões dependentes da deliberação do ministro, corresponder-se com a Secretaria da Presidência da República e com os demais órgãos superiores da administração, superintender os serviços auxiliares necessários, manter ligação com os diferentes órgãos do Ministério e redigir a correspondência oficial do ministro (art. 1º).
Pelo decreto n. 39.134, de 5 de maio de 1956, que aprovou novo regimento do Gabinete do Ministério da Justiça e Negócios Interiores, o Gabinete do Ministro (GM) tinha por finalidade o exame de assuntos e questões dependentes da deliberação do ministro e a execução dos expedientes. Organizava-se em Secretaria Geral (SGM), Setor de Estudos (SEGM), Setor de Divulgação (SDGM), Setor de Recepção e Representação (SRGM) e Portaria (PGM) (art. 3).
À SGM competia, além da administração dos assuntos relativos ao pessoal lotado no Gabinete as seguintes atividades: redigir, datilografar e conferir todo o expediente a ser submetido, após exame pelo chefe do GM, à deliberação do ministro; controlar e expedir a correspondência postal e telegráfica; preparar a mala de despacho do Ministério com o presidente da República; receber, controlar, distribuir e expedir os documentos, processos, expedientes e papéis; fazer, diariamente a relação dos expedientes despachados e encaminhá-la ao SDGM, para divulgação; lavrar termos de posse. Ao SEGM competia: estudar processos e projetos relativos às atividades gerais e especificas do Ministério; propor e efetuar as diligências determinadas pelo chefe do GM, para esclarecimentos de assuntos sujeitos à decisão do ministro; promover a instrução dos pedidos de informação do Poder Legislativo ou do Poder Judiciário e preparar as respostas; transmitir ordens superiores aos dirigentes das repartições subordinadas ao Ministério no tocante a assuntos administrativos, quando autorizado; estudar e apresentar planos de realizações; apreciar programas de trabalho, relatórios e sugestões submetidos ao ministro; preparar dados para a mensagem anual do presidente da República ao Congresso Nacional; promover a elaboração do relatório do Ministério; fiscalizar a execução dos programas de trabalho aprovados pelo ministro e informar o chefe do GM, periodicamente, sobre o seu desenvolvimento e resultados; manter documentação atualizada das atividades do Ministério e fiscalizar o cumprimento dos atos e determinações do ministro e do chefe do GM às repartições subordinadas; e emitir parecer ou executar outros serviços determinados pelo chefe do GM (art. 5).
O decreto n. 52.903, de 21 de novembro de 1963, ao aprovar novo regimento do Gabinete (GM) do ministro da Justiça e Negócios Interiores, definiu como sua finalidade prestar assistência ao ministro no exame de assuntos e questões da pasta e a execução dos expedientes relacionados como os mesmos (art. 1º). O GM tinha um chefe e foi organizado em Secretaria Administrativa, Secretaria Particular, Setor de Relações Públicas e Setor de Ordem Pública. Competia à Secretaria Administrativa, entre outras atividades, redigir, datilografar e conferir o expediente oficial, receber, controlar, distribuir e expedir os documentos, processos, expediente e papéis do Gabinete, preparar pastas para o arquivamento de cópias do expediente do Gabinete, lavrar termos de posse de autoridades (art. 8º). À Secretaria Particular competia redigir a correspondência particular do ministro, respondendo, conforme orientação do chefe de Gabinete, às cartas e telegrama recebidos (art. 9º). Nas disposições transitórias, acertou-se que, enquanto não se efetivasse a transferência de todos os órgãos do Ministério para o Distrito Federal, haveria uma representação do Gabinete no Estado da Guanabara, ficando ela a cargo de um dos subchefes de Gabinete (art. 28).
Com o decreto n. 53.084, de 5 de dezembro de 1963, foram organizadas delegacias regionais do Ministério da Justiça e Negócios Interiores (DRMJ), aproveitando a rede de delegacias regionais do Serviço de Assistência a Menores (SAM), então transferidas para o Ministério, ficando essas diretamente subordinadas ao Gabinete do Ministro. As delegacias regionais, apesar dessas modificações, continuaram a desempenhar as funções até então exercidas no que tangia à assistência a menores, além de passarem a administrar créditos assistenciais a entidades subvencionadas pelo Ministério da Justiça. As delegacias regionais do Ministério da Justiça e Negócios Interiores foram extintas pelo decreto n. 58.639, de 15 de junho de 1966.
Entre o decreto n. 53.084/1963 e o n. 58.639/1966, houve um decreto alterando o regimento do Gabinete do Ministro da Justiça e Negócios Interiores: o decreto n. 53.569, de 20 de fevereiro de 1969. Por este decreto, o Gabinete foi acrescido da Seção de Execução de Convênios (SEC), tendo em vista a elaboração de acordos e convênios com os estados.
O decreto n. 59.045, de 10 de agosto de 1966, aprovou novo regimento do Gabinete do Ministro (GM), tendo por finalidade prestar ao ministro de Estado assistência administrativa, jurídica, técnica, política, militar e de representação social (art. 1º). Foi organizado em chefe de gabinete, subchefe do Gabinete, Assessoria Administrativa, Assessoria de Assuntos Parlamentares, Assessoria de Imprensa, Rádio e Televisão, Assessoria Jurídica, Assessoria Militar, Secretaria Administrativa, Secretaria Particular (art. 2º).
Com o decreto-lei n. 200, de 25 de fevereiro de 1967, que dispôs sobre a organização da administração federal e estabeleceu diretrizes para a reforma administrativa, o Ministério da Justiça e Negócios Interiores foi subdividido em duas pastas autônomas: Justiça e Interior. Cada ministério civil, passou a dispor, como órgãos de assistência direta e imediata ao ministro de Gabinete, Consultor Jurídica e Divisão de Segurança e Informações, exceto o Ministério da Fazenda, no que tange ao Consultor Jurídico. Cabia, então, ao Gabinete, assistir o ministro em sua representação política e social, incumbindo-se das relações públicas e do preparo e despacho do expediente pessoal do ministro (art. 29).
Em 23 de janeiro de 1968, o decreto n. 62.165 revogou o artigo 2º, item VII, e o art. 11 do decreto n. 59045, de 10 de agosto de 1966, ambos referentes à presença da Assessoria Militar na composição do Gabinete do Ministro da Justiça.
Em 1975, novo regimento interno para o Gabinete do Ministro da Justiça é baixado pela portaria n. 594-B, de 15 de outubro. O Gabinete, então, apresentou-se organizado da seguinte forma: um chefe de Gabinete, auxiliado pela Secretaria Administrativa e pela Secretaria Particular, e mais assessores designados para fins específicos, como a área parlamentar, assuntos sigilosos e comunicação social. Cabia a esta configuração apoiar técnica, administrativa e financeiramente os órgãos colegiados atuantes no âmbito do Ministério da Justiça, como o Conselho de Defesa dos Direitos da Pessoa Humana e o Conselho Superior de Censura.