A Comissão Geral de Investigações foi criada em duas ocasiões. A primeira vez pelo decreto n. 53.897, de 27 de abril de 1964, com a finalidade de regulamentar a investigação sumária prevista no artigo sétimo do ato institucional n. 1, de 9 de abril de 1964, que tratou da suspensão por seis meses das garantias constitucionais ou legais de vitaliciedade e estabilidade, daqueles que, submetidos à dita investigação sumária, devessem ser demitidos ou dispensados, postos em disponibilidade, aposentados e transferidos para a reserva ou reformados, assim como viabilizar o artigo 10 do mesmo ato institucional, que previa a possibilidade de suspensão de direitos políticos, por um prazo de dez anos, e cassação de mandatos legislativos federais, estaduais e municipais. Naquele momento, a Comissão Geral de Investigações foi vinculada à Presidência da República, com intermediação do Ministério da Justiça e Negócios Interiores, e tinha prazo de atuação definido: seis meses para realizar as investigações sumárias atinentes ao artigo 7 e sessenta dias para aquelas relacionadas ao artigo 10.
Cabia à Comissão Geral de Investigações promover a referida investigação sumária, que podia ser aberta por iniciativa da própria Comissão, por determinação do presidente da República, dos ministros de estado, dos chefes dos gabinetes Civil e Militar da presidência da República, ou em decorrência de representação dos dirigentes de autarquias, sociedades de economia mista, fundações e empresas públicas, de governadores dos estados e prefeitos municipais. Os ministérios podiam promover as investigações que achassem convenientes e encaminhá-las em seguida ao presidente da República. Concluída a investigação, ela deveria ser encaminhada à autoridade competente, no âmbito de atuação do servidor investigado, se federal o ministério correspondente, se estadual ou municipal ao governador ou ao prefeito para ciência.
Era composta de três membros considerados idôneos, nomeados pelo presidente da República, que escolhia, dentre os três, qual deles presidiria a entidade.
A primeira composição, nomeada por decreto publicado no Diário Oficial da União de 5 de maio de 1964, foi integrada por Estevão Taurino de Rezende Netto, como presidente, Carlos Povina Cavalcanti e José Barreto Filho. Recomposta entre julho e agosto do mesmo ano, foi presidida pelo almirante Paulo Bosísio, contando com Amarílio Lopes Salgado e Felipe Luiz Paleta Filho como demais membros.
O decreto n. 54.609, de 26 de outubro de 1964, extinguiu esta Comissão Geral de Investigações e anunciou que o presidente da mesma remeteria, num prazo máximo de dez dias, todos os processos resultantes das investigações sumárias aos órgãos competentes.
O decreto-lei n. 359, de 17 de setembro de 1968, criou uma nova Comissão Geral de Investigações (CGI), desta vez instituída diretamente no âmbito do Ministério da Justiça, com a finalidade de promover investigações sumárias para confisco dos bens adquiridos por outrem de maneira ilícita no exercício de cargo ou função pública. Por este decreto-lei, a Comissão passou a ser composta por cinco membros e presidida pelo ministro da Justiça. Durante ou após concluída a investigação, deveria ser concedido ao indiciado, num prazo de oito dias, o direito de defesa por escrito. Caso o indiciado não se manifestasse neste prazo, seria nomeado um defensor para que, no prazo de cinco dias, deveria apresentar a defesa do indiciado (art. 4). A Comissão, convencida da ocorrência de enriquecimento ilícito, havia que propor ao presidente da República a expedição de decreto de confisco, devendo especificar os bens por ele abrangido.
O artigo 6 do decreto-lei n. 359/1968 definia enriquecimento ilícito como a aquisição de bens, dinheiros ou valores por quem tivesse exercido ou exercesse cargo ou função pública da União, estados, Distrito Federal, territórios e municípios, assim como das respectivas autarquias, empresas públicas ou sociedades de economia mista, sem que, à época da aquisição, dispusesse de idoneidade financeira para fazê-lo, à vista da declaração de rendimentos apresentada para fins de pagamento do imposto de renda ou que, embora dispusesse, à época da aquisição, de idoneidade financeira, não houvesse comprovado a sua legitimidade perante a Comissão.
Em seguida à publicação do decreto de confisco no Diário Oficial da União, tratando-se de bens imóveis, o presidente da Comissão dispunha de um prazo de 30 dias para remeter cópia ao secretário de Justiça, ou autoridade equivalente, dos estados, Distrito Federal ou territórios, para que determinasse aos titulares dos registros de imóveis a transcrição dos bens em nome da fazenda pública. E, no que tange à defesa do indiciado, após a publicação, ele dispunha de seis meses para provar a legitimidade da aquisição de bens, dinheiros ou valores (art. 9).
Por fim, o artigo 11 do citado decreto-lei esclarecia que continuavam em vigor, naquilo que não colidisse, os seguintes atos legais anteriores: decreto-lei n. 3.240, de 8 de maio de 1941, que sujeitou a sequestro os bens de pessoas indiciadas por crimes que tivessem resultado em prejuízo para fazenda pública; lei n. 3.164, de 1 de junho de 1957, que fixou determinações relacionadas ao parágrafo 31 do artigo 141 da Constituição Federal de 1946 a respeito da salvaguarda dos direitos individuais; lei n. 3.502, de 21 de dezembro de 1958, que regulou o sequestro e a perda de bens nos casos de enriquecimento ilícito, por influência ou abuso do cargo ou função.
O decreto-lei n. 359/1968 teve modificada a redação dos artigos 4 e 9 pelo decreto-lei n. 446, de 3 de fevereiro de 1969. No caso do artigo 4, a alteração detalhou procedimentos para defesa do indiciado, especialmente quando não localizado, e no caso do artigo 9, foram acrescidos dois parágrafos referentes à apresentação da prova de enriquecimento lícito, após publicado o decreto de confisco, e sobre o parecer que a Comissão deveria então emitir sobre a referida prova e, em seguida, submetê-lo ao presidente da República.
O decreto-lei n. 457, de 7 de fevereiro de 1969, estendeu aos casos de enriquecimento ilícito previstos no ato complementar n. 42, de 27 de janeiro de 1969, a competência da Comissão Geral de Investigações, criada pelo decreto-lei n. 359, de 17 de dezembro de 1968.
O primeiro regulamento da nova Comissão Geral de Investigações foi aprovado pelo decreto n. 64.203, de 17 de março de 1969. A CGI organizava-se em Plenário e Secretaria. No regulamento, foi fixada a sistemática das reuniões da CGI, em termos de freqüência, convocação, organização da pauta e registro das discussões e deliberações, substituição do seu presidente em caso de impedimentos, aprovação das resoluções, a rotina das investigações sumárias e a maneira de se considerar denúncias anônimas, distribuição dos processos entre os membros da Comissão, realização de diligências, elaboração do relatório, do parecer e da votação, a notificação do indiciado e sua defesa preliminar, do relatório e parecer final, da prova de legitimidade dos meios de aquisição e dos bens confiscados, das obrigações dos registros de imóveis, registros de comércio ou juntas comerciais e bolsas de valores. As investigações sumárias tinham caráter sigiloso, excetuado o edital e o decreto de confisco. Após a publicação do decreto, os demais atos da Comissão podiam ser tornados públicos (art. 36).
Pelo artigo 38, a CGI também poderia promover investigações para apurar atos de corrupção ativa e passiva ou contrários à preservação e consolidação da “Revolução Brasileira de 31 de março de 1968”, para efeito de aplicação de medidas previstas no ato institucional n. 5, de 13 de dezembro de 1968, e no ato complementar n. 39, de 20 de dezembro de 1968.
A CGI foi declarada extinta pelo decreto n. 82.961, de 29 de dezembro de 1978, a partir de 1 de janeiro de 1979, devendo seu acervo patrimonial e os arquivos transferidos para o Gabinete do Ministro da Justiça. Os processos de investigação sumária existentes na Comissão ou nas subcomissões da CGI deveriam ser examinados pelo ministro, para adoção das providências cabíveis, inclusive a sua remessa ao Ministério Público competente, se fosse o caso.
